Situado extramuros de Pamplona, en las orillas del Arga, C/ Errotazar 42 y Padre Adoáin 1-, este convento es el primero de la Orden en Navarra. La fundación del convento tuvo lugar el 10 de julio de 1606, aunque la primera piedra se puso en 1607, y no se terminó la obra hasta agosto de 1609. Atrás quedan, pues más de cuatro siglos de historia.
En aquella época eran muy frecuentes las fundaciones de conventos por personajes de la nobleza, e incluso por burgueses enriquecidos. Este fue el caso del convento de Extramuros. La fábrica del convento, incluida la compra de los terrenos, se pudo llevar a efecto gracias a la generosidad del opulento mercader y hombre de negocios don Gabriel de Amasa e Ibarsoro, y doña María Linzoáin, su mujer, quienes para no contradecir el espíritu de pobreza de los capuchinos, establecieron que el convento permaneciese siempre como propiedad de la Fundación de Amasa, dejando a los religiosos el uso y usufructo a perpetuidad.
A lo largo del s.XVII, la comunidad fue creciendo de forma progresiva: de unos 12 en el momento de la fundación, a más de 40 en 1683, convirtiéndose en la cabeza de la nueva provincia capuchina y, por tanto, sede de la curia provincial. Unos años antes, en 1667, el virrey duque de San Germán les hizo donación de una hermosa huerta en término de Aranzadi, al otro lado del río, para pasar a la cual los frailes tuvieron que instalar una barca con una sirga, en la que cruzaban el Arga para ir a trabajar. Este sistema de transporte ha estado en vigor hasta finales del siglo XX, cuando hubo que venderla para acomodar parte del convento para enfermería provincial en 1989.
El siglo XIX fue sin duda el más nefasto en la historia del convento, que tuvo que ser abandonado por los religiosos en tres ocasiones, con el consiguiente deterioro en los edificios y las costosas obras de reparación, sobre todo después de la exclaustración de Mendizábal el 5 de agosto de 1834.
En 1879, después de más de cuarenta años de abandono, los capuchinos volvieron a su antiguo convento del barrio de San Pedro. El convento y la iglesia necesitaban obras muy costosas, que se realizaron gracias a la generosidad de la Fundación y de otros bienhechores.
La obra final y definitiva fue la de 1998, con la cesión de la huerta por el Gobierno de Navarra al Ayuntamiento, que la exigió como contrapartida para la concesión de la licencia de obras. Exigencia a todas luces injusta, pero que no se recurrió a tiempo.
El convento y salas parroquiales han mejorado mucho, pero el paisaje no es el mismo, con la desaparición de la huerta de capuchinos a este lado del Arga y las de Aranzadi en el lado opuesto.
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