Como es bien conocido, los capuchinos edificaban unos conventos pobres con iglesias muy sencillas. Pero después de un siglo, a principios del XVIII, la iglesia resultaba ya insuficiente, por lo que los religiosos acudieron a la Fundación de Amasa para que corriesen con los gastos de las obras de ampliación. Las obras comenzaron el 25 de septiembre de 1708. En esta ampliación se añadió el coro alto, se ensancharon los brazos del crucero y se trazó la actual cúpula elíptica sobre pechinas, quedando la iglesia con el aspecto que actualmente presenta. A partir de ser convertida en parroquia, se hicieron algunas obras. La iglesia tenía tan solo un atrio interior. Para ganar espacio, fue derribado y sustituido por un hermoso atrio exterior entre julio y noviembre de 1954, que protegía y daba prestancia a la iglesia. A un lado del mismo se colocó una estatua del siervo de Dios Venerable P.Esteban de Adoáin, con un cofre de reliquias del mismo colocadas en la columna de la base. El atrio exterior no duró mucho, pues las tres capillas laterales y el atrio se derribaron en 1976 para urbanizar la Avenida de Villava.
En las obras de restauración de la iglesia, tras la desamortización de Mendizábal, el Obispo cedió para la iglesia los retablos de la antigua iglesia de los Jesuitas de la calle Compañía, de estilo churrigueresco, a los que los frailes borraron el dorado de columnas y hornacinas, y que se perdieron incompresiblemente un siglo después, comidos por las termitas.
Donde estuvo el retablo mayor, se colocó primero una gran cruz -ahora a la entrada de la iglesia-, y luego un pequeño retablo cedido por la parroquia de Labiano, que fue sustituido por el actual en el 2003, trasladándose el retablo de Labiano a uno de los laterales del crucero.
Cuando se cerró el Colegio de Lecároz (1990) aún se mantuvo una pequeña fraternidad hasta el 2002. Ese año, los últimos cuatro capuchinos fueron destinados a otros conventos y se cerraron el convento y la iglesia.
Entonces se planteó la conveniencia de trasladar el retablo a la iglesia de Pamplona-Extramuros. Se trata de una obra del capuchino fray Antonio de Vera, tallada en roble del Baztán y de la Ulzama a finales del siglo XIX, cuando se construyó la iglesia del Colegio Madre del Buen Consejo, y que encaja perfectamente en el espacio del presbiterio de Pamplona. Hoy, hasta los que se mostraron un tanto reticentes al traslado, alaban la buena idea que tuvieron los superiores al tomar esta decisión.
Esta iglesia de la Inmaculada, dedicada al culto durante casi 350 años, fue convertida, como queda dicho, en la parroquia de San Pedro en 1951. El decreto de erección de la parroquia fue dado el 17 de abril de 1951.
Se trataba de una parroquia encomendada a una comunidad religiosa, eligiendo de ella el señor obispo, Monseñor Enrique Delgado Gómez, un Coadjutor Delegado en la persona del padre Guardián de dicho convento, “con todas las facultades, derechos y obligaciones que corresponden a un párroco…”
El convento tendría desde entonces un rector de la iglesia, el superior o guardián, y un párroco, el designado por el señor obispo. En honor a la verdad debe constar que la comunidad se volcó para acrecentar la vitalidad de la parroquia, respaldando al coadjutor encargado y más tarde al párroco con pleno derecho desde 1963.
El mismo obispo les confió en 1952 la parroquia San Cosme y San Damián de Ansoáin, primero en la iglesia del monte (el pueblo), y más tarde en una bajera del pueblo o barrio nuevo en plena llanada.
Hoy este barrio ha crecido mucho y tiene una hermosa iglesia nueva atendida por clero diocesano.
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